Questa grande area marina protetta di 87.500 km² (che misura cioè due volte la Svizzera) nasce da un accordo tra Italia, Principato di Monaco e Francia per la protezione dei mammiferi marini del Mediterraneo e comprende, a differenza della maggior parte di quelle convenzionali, sia le acque costiere che quelle di alto mare. Un complesso sistema di correnti e la particolare morfologia del fondale, ripido e disseminato di montagne sottomarine e profondi canyon, ne fanno una delle zone più produttive del Mediterraneo. È un’area ricca di piccoli crostacei che costituiscono il cosiddetto "krill mediterraneo"; questa gran quantità di zooplancton attira a sua volta diversi animali che se ne nutrono, fra cui i cetacei. Primo a identificare questa zona come particolarmente importante per balene e delfini, e a proporre la creazione di un’area protetta transnazionale, fu l’Istituto Tethys. Con l’aiuto di molte altre organizzazioni, l’istituzione del Santuario verrà sancita nel 1999.
Avvistare balene o delfini nel loro ambiente naturale è un'esperienza emozionante, che si può vivere in diversi modi: con la propria imbarcazione, o partecipando a escursioni organizzate di whale watching in giornata, oppure collaborando alla ricerca scientifica in crociere settimanali di citizen science a fianco dei biologi marini dell’Istituto Tethys.
Esiste un codice di condotta per evitare di disturbare gli animali quando li incontriamo, come avvicinarsi gradualmente da un lato, disporsi parallelamente alla loro rotta e mantenere una distanza di almeno 100 m, evitare di separare degli individui dal resto del gruppo e non trascorrere con i cetacei più di 20 - 30 minuti. Inoltre, se si notano ripetuti tentativi di allontanarsi si raccomanda di abbandonare immediatamente l'area.