Le otto diverse specie di balene e delfini regolarmente avvistate in Mediterraneo, e riprodotte qui in dimensioni naturali, sono presenti nel Santuario Pelagos, che rappresenta per tutte un’importante area di alimentazione e per alcune anche di riproduzione. Questo tratto di mare è però anche caratterizzato da elevati livelli di pressione antropica e molte sono le minacce alla sopravvivenza degli animali, fra cui il degrado dell'habitat, l'inquinamento chimico e acustico, la pesca intensiva, gli effetti dei cambiamenti climatici e l’intenso traffico marittimo, che comporta sia il disturbo causato dalle imbarcazioni che il grave rischio di collisioni fra grandi navi e cetacei.