Reproduites ici dans leurs dimensions réelles, les huit espèces de baleines et de dauphins habituellement observées en Méditerranée sont présentes dans le Sanctuaire Pelagos, qui représente, pour toutes ces espèces, un important lieu de nutrition et, pour certaines d’entre elles, une zone essentielle de reproduction. Cependant, cette partie de la mer est également caractérisée par une forte pression anthropique et de nombreuses menaces pèsent sur la survie des animaux, comme la dégradation de leur habitat, la pollution chimique et sonore, la pêche intensive, les effets du changement climatique et le trafic maritime intense, qui engendre des perturbations causées par les bateaux et expose les cétacés à de graves risques de collision avec les grands navires.